諧波補償和無功補償中的補償都是補償無功功率，也就是提高功率因數，避免罰款。諧波補償還兼顧了諧波治理。也就是諧波補償中電容器還串聯了電抗器，電容和電抗構成了濾波器，在特定次數的諧波頻率下發生串聯諧振，特定次數諧波阻抗很低，因此系統中的諧波就在濾波器中流動，不再流向系統連接點，起到了濾波諧波的作用，而無功補償一般是不串電抗或串1%6%12%的電抗（主要是保護電容器，避免諧波過電壓）。只發出無功，不能濾波。它們的區別是，如果系統內有諧波的存在，且超過標準，一般就要上濾波補償，如果諧波不超標，一般可以上常規的無功補償。

無功和諧波，都屬于電能質量問題，都需要進行治理。 

二者的治理原理和措施既有不同又有共同之處——都需要使用電容器（電容）和電抗器（電感）構成的電路拓撲，這是共同之處；無功是基于50Hz（工頻）頻率考慮，主要是削弱負荷中存在的工頻感性無功，而濾波是針對非50Hz頻率（非工頻——諧波）考慮的，主要是如何設法削弱非線性電器元件產生的非工頻諧波分量，這是二者不同之處，側重面不一樣。 

無功補償很簡單，濾波就要復雜一些。 

目前最好的“純爺們兒”型無功補償裝置是 有源動態無功補償器，最好的電力濾波器是 有源濾波器。 

也可以二者兼顧考慮——既能補償無功，同時又可以兼作濾波的裝置，比如 靜止型動態無功補償裝置——SVC，等等。 

至于你的問題：“ 對配電系統做了無功補償是不是不用濾波了？”，則要看在滿足了無功補償要求的基礎上，你那系統中的諧波是不是超標嚴重，或是否對你的或同網的負荷造成嚴重影響。